全家发配边疆。而且鼓励告发这种更名改姓的人，没收的家产全归举报人。
例如嘉靖时期内阁大学士李本，本来应该姓吕。其先祖吕德玉，在洪武初年定籍的时候，因为“吕”跟“李”读音太过相近，被登记人员写成了“李”，——这一错就是二百多年，因改姓制度严苛，李本家十几代好几百人都没能恢复本姓。
隆庆五年，申时行当上了礼部右侍郎，知道了此事。于是这家伙撺掇李本请旨恢复本姓，他同时建议隆庆帝来一次特赦——朝廷高官大臣凡是姓名出现错误，可通过此次特赦改过来。
隆庆皇帝考虑到李本是嘉靖朝阁老级重臣，得给个面子。再加上申时行跟着撺掇，还真为这事儿下一个特旨，申时行得偿所愿——当时朝廷高官总计三十一人跟着沾光，得以改回老祖宗的姓氏。
打下缅甸的龚显爵爷当时没那个资格享受特赦，因为这次特赦是专门对文官而且是重臣来的。他后来能够恢复姓龚，是朱翊钧给下的封赏特旨，否则他的子孙后代照样得跟着龚显冒名参军的家伙姓刘。那样的话，已经封公爵的龚大帅得郁闷死，此亦足可见朱元璋当初的严格规定有其必要。
申时行依据特旨改姓归宗后，做了个“恩同再造”的大牌匾，连着“状元及第”的大牌子，吹吹打打送给苏州老徐家，并表示原意照顾老徐家的读书种子——后来他真是怎么做的。于是，申、徐两家皆大欢喜。
这件事的处理显示了申时行较高的政治手腕，使他获得时人非常高的评价：他做事谋而后动，既没有以势压人，又照顾多方利益，使一件较为复杂的事情变成皆大欢喜，这是宰相的才能。
但相较于梁梦龙和罗万化，申时行的政治立场偏向保守。他多次就翰林院的事儿向朱翊钧建言，尽管不敢阻挠变法大政，但在施政时凡遇到较为复杂的问题，老想着外甥点灯笼——照旧。朱翊钧希望内阁里面有这样一个“反对派”，但让他当总理大臣显然是不合适的。
那就只剩下梁梦龙和罗万化了。这两个一个是“本土派”代表，一个是“海归派”首领，能力不相伯仲，手腕不相上下，且都是较为坚定的变法派。罗万化性格有些耿介，但经过缅甸总督任上的锻炼，早非同日而语。能够迅速利用马尼拉事件就是佐证——朱翊钧尚未想到罗万化可能在萧、谢二人的政事堂钧令上做了手脚。
但从朱翊钧的角度的来看，选定其中一个，某种程度上意味着皇帝在“海权和陆权之争”上有了倾向，而朱翊钧是不想做出这种选择的。
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